Detecção do rearranjo da proteína BCL2/JH em carcinomas epidermoides de boca e faringe / Detection of protein BCL2/JH rearrangement in epidermoid carcinomas of mouth and pharynx

Introdução: A proteína BCL2 encontrada na membrana mitocondrial interna, regula a apoptose inibindo a morte celular programada. A translocação (14;18), detectada em 70 a 85% dos linfomas foliculares, leva a superexpressão da proteína BCL2, pela justaposição do gene BCL2 ao segmento JH do gene da cadeia pesada da imunoglobulina. Porém, os achados da expressão da BCL2 em carcinoma de cabeça e pescoço são contraditórios. Objetivo: Investigar a presença da translocação (14;18) do gene BCL2 em carcinomas de cabeça e pescoço. Método: Foram examinadas 16 amostras de DNA, sendo 13 de carcinomas de células escamosas (CCE) e 3 de epidermoide (CE), por meio da reação em cadeia da polimerase (PCR). Resultados: O rearranjo BCL2/JH foi encontrado em 2 (15%) dos 13 casos de CCE e em nenhum dos 3 casos de CE. A média de frequência de moléculas com rearranjo foi de 46,44 x 107. Não foi observada associação entre a presença de rearranjo e a exposição ao tabaco e álcool (p=0,6545). Conclusão: Diferente dos resultados encontrados em linfomas foliculares a presença da translocação (14;18) em carcinomas de cabeça e pescoço não é comum e, quando ocorre, pode ser uma mutação ocasional não associada a exposição ao tabaco e álcool.

Introduction: The BCL2 protein found in the internal mothocondrial membrana regulates the apoptosis preventing the programmed cell death. The translocation (14:18), detected in 70 to 85% of the follicular lymphoma, lead the super expression of BCL2 protein, by juxtaposition of BCL2 gene to the JH segment of the immunoglobulins' heavy chain gene. However, the found of the BCL2 expression in head and neck carcinoma are contradictious. Objective: To investigate the presence of the translocation (14:18) of the BCL2 gene in head and neck carcinoma. Method: Sixteen DNA samplers were examinated being 13 of squamous cells carcinoma (SCC) and 3 of epidermoid (CE), y means of chain reaction of the polymerase (PCR). Results: The BCL2/JH rearrangement in 2 (15%) of the CCE 13 cases and in none of the 3 cases of CE. The average of the frequency of molecules with rearrangement was 46,44x107. Was not observed association between the rearrangement presence and the exhibition to tobacco and alcohol (p=0, 6545). Conclusion: Different from the results found in follicular lymphoma, the presence of the translocation (14; 18) in head and neck carcinomas is not common and, when it occurs, it can be an occasional mutation not associated to exhibition to the tobacco and alcohol.

Methylation status of the SOCS 1 and JUNB genes in chronic myeloid leukemia patients / Padrão de metilação dos genes SOCS 1 e JUNB em pacientes com leucemia mieloide crônica

Alterations in the methylation status of genes may contribute to the progression of Chronic Myeloid Leukemia (CML). In this study, the methylation status in exon2 of SOCS- 1 and promoter regions of both SOCS- 1 and JUNB were evaluated in CML patients. The methylation status of these genes was analyzed using methylation- specific Polymerase Chain Reaction (MSP) in 30 samples from CML patients, 30 samples from these same patients after hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) and 30 samples from healthy controls. The samples of CML patients presented methylation as follows: JUNB gene (3.3 percent), promoter region of the SOCS- 1 gene (6.6 percent) and exon2 of the SOCS- 1 gene (46.6 percent). The samples of the healthy individuals presented methylation (10 percent, P = 0.002) only in exon 2 of the SOCS- 1 gene. After transplantation, patients presented alterations in the methylation status of the promoter region of the SOCS- 1 gene (6.6 percent), exon2 of SOCS- 1 (46.6 percent) and the promoter region of the JUNB gene (16.6 percent). Methylation of the promoter regions of the SOCS- 1 gene and the JUNB gene is not a frequent event in CML. In contrast, SOCS- 1 gene methylation in exon2 is a frequent event, susceptible to alterations in status after HSCT with possible implications for the progression of this disease.

Alteração no padrão de metilação gênica pode contribuir para a progressão da leucemia mielóide crônica (LMC). Neste estudo, o padrão de metilação no exon 2 do gene SOCS- 1 e região promotora de ambos SOCS- 1 e JUNB foram avaliadas em pacientes com LMC. O padrão de metilação desses genes foi analisado usando a técnica " methylation- specific polymerase chain reaction (MSP)" em 30 amostras de pacientes com LMC, 30 amostras desses mesmos pacientes após transplante de medula óssea (TMO) e 30 amostras controle de indivíduos saudáveis. As amostras de pacientes com LMC apresentaram o seguinte padrão de metilação: gene JUNB (3.3 por cento), região promotora do gene SOCS- 1 (6.6 por cento) e exon2 do gene SOCS- 1 (46.6 por cento). Amostras dos indivíduos saudáveis apresentaram metilação somente no exon 2 do gene SOCS- 1 (10 por cento, P = 0.002). Após o transplante, os pacientes apresentaram alterações no padrão de metilação da região promotora do gene SOCS- 1 (6.6 por cento), no exon2 do gene SOCS- 1 (46.6 por cento) e na região promotora do gene JUNB (16.6 por cento). Metilação das regiões promotoras dos genes SOCS- 1 e JUNB não é um evento frequente em LMC. Em contraste, metilação no exon 2 do gene SOCS- 1 apresenta- se como um evento frequente, suscetível a alterações no padrão de metilação após TMO.

Extração de DNA de materiais de arquivo e fontes escassas para utilização em reação de polimerização em cadeia (PCR) / Methods of DNA extraction from archived materials and rare sources for utilization in polymer chain reaction

Este trabalho visou a comparação de cinco métodos diferentes de extração de DNA de materiais de arquivo (tecidos incluídos em parafina, esfregaços de sangue periférico - corados e não corados com Leishman, lâminas com mielogramas, gotas de sangue em Guthrie Card) e de fontes escassas (células bucais, um e três bulbos capilares e 2 mL de urina), para que fossem avaliadas a facilidade de aplicação e a facilidade de amplificação deste DNA pela técnica da reação de polimerização em cadeia (PCR). Os métodos incluíram digestão por proteinase K, seguida ou não por purificação com fenol/clorofórmio; Chelex 100® (BioRad); Insta Gene® (BioRad) e fervura em água estéril. O DNA obtido foi testado para amplificação de três fragmentos gênicos: Brain-derived neutrophic factor (764 pb), Factor V Leiden (220 pb) e Abelson (106 pb). De acordo com o comprimento do fragmento gênico estudado, da fonte potencial de DNA e do método de extração utilizado, os resultados caracterizaram o melhor caminho para padronização de procedimentos técnicos a serem incluídos no manual de Procedimentos Operacionais Padrão do Laboratório de Biologia Molecular do Hemocentro - HC - Unesp - Botucatu.

The present work aimed at comparing five different methods ofDNA extraction of samples from archived materials (paraffinembeddedtissues, peripheral blood smears - stained or not withLeishman, aspired bone marrow smears and Guthrie cardbloodspots) and from rare sources (oral cells, one and threecapillary bulbs, 2 mL of urine), to evaluate the ease of applicationand the possibility of amplification of this DNA by thepolymerization chain reaction (PCR) technique. The methodsincluded proteinase K digestion - followed or not by phenol/chloroform purification, Chelex 100® (BioRad), InstaGene®(BioRad) and boiling in the sterile water. The DNA obtained wastested for amplification of three genic fragments: the brain-derivedneutrophic factor gene (764 bp), the Factor V Leiden gene (220bp) and the Abelson gene (106 bp). According to the gene fragmentlength studied, the DNA potential source and the extraction methodused, the results characterized the best way to standardizetechnical procedures to be included in the Standard OperationalProcedure Manual of the Molecular Biology Laboratory of theBlood Center in the Medicine School of Unesp, Botucatu, Brazil.

Identification and complete sequencing of novel human transcripts through the use of mouse orthologs and testis cDNA sequences

The correct identification of all human genes, and their derived transcripts, has not yet been achieved, and it remains one of the major aims of the worldwide genomics community. Computational programs suggest the existence of 30,000 to 40,000 human genes. However, definitive gene identification can only be achieved by experimental approaches. We used two distinct methodologies, one based on the alignment of mouse orthologous sequences to the human genome, and another based on the construction of a high-quality human testis cDNA library, in an attempt to identify new human transcripts within the human genome sequence. We generated 47 complete human transcript sequences, comprising 27 unannotated and 20 annotated sequences. Eight of these transcripts are variants of previously known genes. These transcripts were characterized according to size, number of exons, and chromosomal localization, and a search for protein domains was undertaken based on their putative open reading frames. In silico expression analysis suggests that some of these transcripts are expressed at low levels and in a restricted set of tissues.

Detecçäo de mRNAs quiméricos BCR/ABL em pacientes portadores de leucemia mielóide crônica, leucemia linfóide aguda/mielóide aguda pela reaçäo de polimerizaçäo em cadeia (PCR) / Detection of BCR/ABL chimeric mRNAs in patients with chronic myeloid leukemia, acute lymphocytic leukemia/ acute myeloid by polimerase chain reaction (PCR)

A leucemia mielóide crônica (LMC) é uma doença caracterizada pela proliferaçao e acumulaçao de células mielóides e seus precursores, induzida pela transformaçao neoplásica de uma célula hematopoética pluripotente, a stem-cell. Esse clone possui uma anormalidade citogenética que se caracteriza pela translocaçao recíproca entre os cromossomos 9 e 22 [t(9;22) (q34;q11)], resultando na formaçao do cromossomo Philadelphia (Ph1). O resultado dessa translocaçao é a justaposiçao do gene BCR com o protooncogene ABL, originando um gene híbrido que codifica uma proteína anormal com atividade tirosina quinase exacerbada. A reaçao de polimerizaçao em cadeia (PCR) baseada na amplificaçao do cDNA híbrido BCR/ABL tem sido considerada um meio altamente sensível e específico para detecçao dessa patologia, em nível molecular. O RNA total foi extraído pelo método de isocianato de guanidina, de leucócitos de sangue periférico e (ou) medula óssea. A primeira fita (cDNA) foi sintetizada utilizando primer complementar à regiao 3' do mRNA quimérico BCR/ABL, transcriptase reversa (Super Script II - Gibco-BRL) segundo sugestao do fabricante. A reaçao de PCR foi realizada em duas etapas: a primeira utilizando primers complementares à regiao BCR e ABL, num total de 25 ciclos com temperatura de 94 graus Celsius, 49 graus Celsius e 72 graus Celsius para desnaturaçao, anelamento e extensao, respectivamente; na segunda etapa foram utilizados primers internos aos primeiros (Nested-PCR) num total de 35 ciclos com temperatura de anelamento de 60 graus Celsius (primers sintetizados pela Genomic - Engenharia Molecular, SP). O controle de todo o procedimento técnico foi realizado pela amplificaçao de uma regiao do gene ABL. A presença de bandas características da LMC foram visualizadas após eletroforese em gel de poliacrilamida 6 por cento e coloraçao por brometo de etídio. O método foi considerado extremamente sensível e rápido para a detecçao da t(9;22) quando comparada com a citogenética convencional.